命令和征服的间谍核心用法为伪装渗透敌方建筑，组合侦察探路、自偷更新、多线战略牵制，规避反间谍单位就能最大化发挥经济、科技、战局的战略优势，是盟军扭转战局的核心特种单位。

间谍无任何攻击能力、生存能力薄弱，基础操作需先伪装敌方步兵，选中间谍右键点击敌方任意步兵即可完成伪装，伪装后外观、小地图标识均和敌方单位一致，常规防御建筑、步兵无法识别，仅军犬、战熊、爆裂无人机等唯一反间谍单位能直接识破并秒杀，这也是间谍行动中最需要规避的核心威胁。执行渗透时，优先避开敌方反间谍巡逻路线，可组合夜莺直升机、超时空传送仪进行空降投送，绕开正面防线直达敌方基地核心区域，大幅提高渗透成功率；同时可利用间谍基础移动速度，穿插敌方兵力空隙，完成前期探路、摸清敌方建筑布局和兵力部署的侦察任务。

间谍渗透不同建筑能触发差异化战略效果，精准选择渗透目标可快速掌握战局主动权。渗透敌方矿石精炼厂，能直接窃取敌方半数资金，快速拉开双方经济差距，为己方爆兵、扩张提供充足资源；渗透发电厂会让敌方基地断电，全部防御塔、雷达、超武建筑全部失效，是发起总攻、空袭的最佳时机；渗透兵营、战车工厂，己方后续生产的步兵、装甲单位会直接获取一星老兵情形，攻防、血量综合提高；渗透作战实验室，可解开敌方唯一隐藏兵种，比如渗透盟军实验室获取超时空突击队，渗透苏军实验室获取尤里改；渗透雷达、空指部会重置敌方地图视野，让敌方陷入黑雾封锁；渗透超级武器建筑，能直接重置敌方超武倒计时，彻底瓦解敌方核打击、天气控制等要命战略。

实战中熟练运用间谍自偷诀窍，能快速实现全员升星，无需冒险渗透敌方基地。具体操作是选中己方间谍和工程师，强制攻击己方兵营、战车工厂使其耐久小幅受损，调整站位让工程师在前、间谍在后，按住途径键点击受损建筑，即可完成间谍自偷，完成后己方生产的全部可更新单位自动获取一星属性，大幅提高部队整体战力，该诀窍在个人对战、联机对局中都能稳定生效，是性价比极高的进阶方法。多线渗透战略同样决定因素，可同时派出多名间谍，分别渗透电厂、矿场、超武建筑，同步达成断电、偷钱、重置倒计时的效果，配合正面部队佯攻，分散敌方反间谍兵力，让敌方首尾不能兼顾，轻松打破敌方防守体系。