游戏初始阶段需从真新镇出发，主角需前往大木博士研究所选择初始宝可梦，可选妙蛙种子、杰尼龟或小火龙。选择后立即和劲敌小茂对战，提议提前从PC中取出伤药备用。战胜小茂后前往常磐市商店取得包裹，返回研究所交付包裹可获取宝可梦图鉴。前往小茂家和其姐姐对话可获取城镇地图，这是前期决定因素道具。常磐市左侧22号道路会再次遭遇小茂，需做好战斗准备。穿过常磐森林时注意收集道具，该区域以虫系宝可梦为主，有几率遇到皮卡丘。

获取跑鞋后前往尼比市挑战首个道馆馆主小刚，其运用的岩石系宝可梦可被水系或草系克制。战胜后获取灰色徽章，可前往月见山。山洞内需击败火箭队成员并选择化石，左侧为镰刀盔化石，右侧为菊石兽化石。离开月见山抵达华蓝市，挑战水系馆主小霞前提议将火系宝可梦等级提高至20级以上。战胜小霞后获取蓝色徽章，前往25号道路击败五名训练家，在正辉研究所帮助其恢复原形可获取船票。

持有船票可前往枯叶市码头登上圣安奴号。船上需逐层搜索，厨房垃圾桶内可获取三种树果，下层船舱可获取技能机44睡觉。和船长对话后获取居合斩，这是清除路障的决定因素技能。返回枯叶市运用居合斩进入电系道馆，馆主马志士的雷丘需注意其高速特性。战胜后获取橘色徽章，可前往11号道路的地鼠洞穴，穿过洞穴可返回常磐森林附近区域。紫苑镇的宝可梦塔是中期重要地点，需运用闪光术通过岩山隧道抵达。

游戏后期需前往彩虹市化解火箭队基地事件，在游戏厅击败火箭队成员可获取电梯钥匙。彩虹道馆馆主艾瑞卡的草系宝可梦可用火系或飞行系应对。获取彩虹徽章后前往浅红市，野生原野区可捕捉特定宝可梦，需合理运用原野球。红莲岛的夏伯道馆需解开谜题，战胜后获取深红徽章。最终挑战联盟前需在冠军之路充分训练队伍，四天王分别擅长冰系、格斗系、毒系和龙系，冠军小茂的队伍包含初始宝可梦的最终进化型。

通关后剧情将延伸至七岛地区，需完成包括寻找红蓝宝石、解救科学家等任务。四岛可进修登瀑布技能，五岛需通过特定路线解救被困人员，六岛获取蓝宝石后需返回真新镇更新图鉴。七岛南部可遭遇安侬，华蓝市洞穴深处可捕捉超梦。完成全部岛屿任务后，游戏将放开更多隐藏区域供寻觅，包括8号岛的凤凰和洛奇亚捕捉点。